Pour ne plus avoir le message "Nagios is currently not checking for external commands" à chaque action web de Nagios, il suffit tout simplement de lire enfin la documentation fournie par Debian pour leur paquet nagios3.
Elle se trouve dans /usr/share/doc/nagios3/README.Debian
Elle indique les commandes suivantes à exécuter après avoir passer check_external_commands à 1 dans /etc/nagios3/nagios.cfg :
/etc/init.d/nagios3 stop dpkg-statoverride --update --add nagios www-data 2710 /var/lib/nagios3/rw dpkg-statoverride --update --add nagios nagios 751 /var/lib/nagios3 /etc/init.d/nagios3 start